Persoalan utama yang dihadapi kepala sekolah dalam konteks desentralisasi pendidikan adalah kendala-kendala yang berkaitan dengan kemampuan sumber daya manusia, keuangan dan pembiayaan, sarana dan prasarana, juga kendala-kendala lain. Keterbatasan dan kendala tersebut acapkali menimbulkan ketidaktepatan pengelolaan sehingga menimbulkan persoalan pada tingkat kelembagaan. Untuk itu kepala sekolah semestinya mampu merencanakan profesionalitas guru dan staf, menciptakan iklim sekolah yang kondusif, melakukan inovasi pendidikan, maupun melibatkan masyarakat dan mengembangakan jejaring sekolah.